Santa Clara es una isla de terreno escabroso situada en el centro de la bahía formada por los montes Urgull e Igueldo. Tiene 400 metros de longitud, mira hacia el noreste y hacia el suroeste. Aunque proteja a la ciudad debido a que las olas rompen contra ella, la isla pone trabas a quienes desean entrar a puerto desde la mar. De la isla a la ciudad hay alrededor de una milla y se ha convertido en lugar de ocio para donostiarras, que salen del puerto en sus barcos y los fondean en el pequeño puerto de la isla para disfrutar de una tranquila jornada.

Un sendero de 222 metros de largo, 2 metros de ancho y 25% de pendiente llega hasta la puerta del faro. Al principio el edificio sólo tenía un piso, de planta rectangular, con cuatro estancias en los ángulos: una para el ingeniero, la otra para el farero y otras dos como almacén de diversos elementos. Pero enseguida se añadió una segunda planta ya que, a diferencia del pasado, el faro daba ahora trabajo a dos fareros.

La torre, cilíndrica, de caliza azulada, está unida a la fachada norte, su diámetro interior es de 1,50 metros y el exterior de 2,60 metros. En su interior hay una escalera de hierro fundido para subir .

El edificio es de mampostería y está raseada. El zócalo, los ángulos, los pies de la puerta y la cornisa son de piedra caliza labrada de Mutriku.

Las obras del faro de Santa Clara se subastaron en 1863 y su presupuesto fue de 122.231,75 reales y el del óptico de 21.224. Las obras comenzaron en 1864. Se construyó en el punto más alto, junto a los restos de la antigua ermita.

Al principio era un faro de 6º orden, tenía un aparato Lepaute de 187,5 mm. Tenía una linterna de ocho lados y su luz blanca continua tenía 9 millas de alcance. Un farero se encargaba de todo y daba luz con aceite de oliva. En su lugar, en 1883 se colocó uno de petróleo y parafina de una mecha.

En 1916 se colocó una luz que parpadeaba en grupos de tres gracias a diversas pantallas giratorias. El sistema óptico cambió en 1943 porque estaba muy deteriorado y fue sustituido por otro que daba luz alimentado por petróleo, así como un aparato Sautter de 373 mm.

En 1962 se electrificó y automatizó el faro y, al igual que ahora, lanzaba destellos cada cuatro segundos, con un alcance de 12 millas. Se colocó un nuevo tambor en lugar del óptico existente hasta entonces. Posteriormente se colocó un sistema de seis lámparas, luz y limitador, tal y como suele ocurrir en cualquier boya ya que, de hecho, por su alcance no se puede decir que tenga las características de un faro. Los fareros del faro de Igueldo acuden al de Santa Clara siempre que es necesario, ya que son ellos los responsables de solucionar los problemas del faro de la isla.