En 1871 se encendió el faro de 6º orden, luz roja fija y 9 millas de alcance, de uso local, para facilitar la entrada de la barra que forma la desembocadura de la ría. Originalmente tuvo una lámpara de nivel constante para aceite de oliva que, posteriormente, sería sustituida por una Maris de una mecha. En 1929 entró en servicio una reforma que instaló una nueva linterna, y un nuevo aparato óptico con pantallas giratorias, permitiendo ocultaciones cada 6'' y 16 millas de alcance. También se electrificó con una lámpara de incandescencia conectada a la red eléctrica. En 1954 se instaló una sirena de niebla, y recientemente se automatizó el faro. Tiene bastante terreno cercado y se comunica con San Vicente de la Barquera por una estrecha carretera asfaltada de 1,5 km que va bordeando la ría y desemboca en la general de la costa, a la salida del pueblo en dirección a Asturias.

Su construcción fue incluida en el Primer Plan de Alumbrado, bajo el reinado de Isabel II, entrando en funcionamiento por primera vez el 27 de diciembre de 1871.

Inicialmente utilizaba aceite de parafina para dar luz. En 1929 entró en servicio una reforma que instaló una nueva linterna, y un nuevo aparato óptico con pantallas giratorias, permitiendo ocultaciones cada 6'' y 16 millas de alcance. También se electrificó con una lámpara de incandescencia conectada a la red eléctrica.

En 1954 se instaló una sirena de niebla que emite la "V" en Morse cada 30 s.

Finalmente se automatizó instalando una óptica de tambor y un cambiador automático de lámparas.

En mayo de 2008 la Autoridad Portuaria cedió el edificio al Ayuntamiento quien inició la reforma del mismo para la creación del Museo Artesanal y Costumbrista de la Mar.

El 10 de agosto de 2009 fue inaugurado el nuevo edificio, que será utilizado como sede de futuras exposiciones.

Este faro está relacionado con un trágico suceso. En la madrugada del 8 de octubre de 1977 y a la altura de Prellezo, al oeste de San Vicente de la Barquera, se hundió tras chocar contra los acantilados el pesquero Lasarte, con base en el puerto de Pasajes (Guipúzcoa). Esa misma mañana, el torrero del faro de la Punta de la Silla observa varios cadáveres en la playa y da la alarma sobre lo sucedido. No hubo supervivientes de la tragedia. Murieron 14 marineros y el perro del barco. Tres de los cadáveres nunca aparecieron.