La isla de Mouro está situada frente a la península de la Magdalena, en la boca de la bahía de Santander. Su territorio es sólo de 1,7 ha, rocosa y bastante llana. Destaca mucho en el paisaje. Es muy conocida por los buceadores por los ricos fondos que hay a su alrededor.

El nombre de la isla hasta el siglo XVIII era Isla de Mogro, tal como se recoge en documentos del siglo XVI hasta el siglo XVIII cuando por un error de transcripción del cartógrafo se cambió el nombre al actual de Isla de Mouro. En 1570 se proyectó la construcción de un castillo en la isla, para proteger la entrada a la bahía; sin embargo, al final el castillo se construyó en la cercana península de la Magdalena (el castillo de San Salvador de Hano).

En julio de 1812, durante la Guerra de la Independencia los ingleses, aliados de los españoles, capturaron la isla, desde donde abatieron con fuego granado las defensas costeras de la península de la Magdalena ocupadas por los franceses, logrando expulsarlos de ellas; esto permitió el desembarco de tropas españolas en El Sardinero.

El faro entró en funcionamiento el 15 de febrero de 1860. Torre cónica blanca de 18,39 m y 38.7 m sobre el nivel del mar, ubicada en el centro de la vivienda (de una sola planta) donde residían los fareros que lo hicieron hasta 1921. En numerosas ocasiones permanecían varios días incomunicados por los temporales. Un fuerte temporal acaecido en 1865 hizo que uno de los fareros perdiera la vida tras ser arrastrado por una ola y caer al mar. En el transcurso de un temporal en 1896 a uno de los dos fareros que residían en la isla le sobrevino la muerte de forma repentina, y su compañero no tuvo más alternativa que convivir varios días con su cadáver hasta que remitió la tormenta.

En febrero de 1996 otro temporal destrozó el sistema de iluminación y el faro permaneció varios días apagado ante la imposibilidad de acceder a él y reparar la avería.

Originalmente utilizaba este faro una lámpara de una mecha, la cual fue sustituida en 1920 por un destellador de llama desnuda con quemador, además de una óptica de tambor. En 1989 cambió la alimentación por gas que utilizaba hasta entonces por la energía solar fotovoltaica, y optó por descabezar el faro pasando éste a la categoría de baliza. El 26 de abril de 2004, habiendo pasado el faro a depender de la Autoridad Portuaria de Santander, se recupera la estética original, al ponerle una nueva linterna. La potencia de la linterna hace visible la luz a una distancia de 11 millas náuticas.