El origen del monasterio se encuentra envuelto por las leyendas, que, unidas a los interrogantes arqueológicos e históricos, hace que el lugar tenga un cierto aire de misterio. Estas leyendas hablan también del cuerpo, o de las reliquias, de san Pedro y de otros santos, depositadas en este lugar desde la antigüedad.

Lo cierto es que junto al monasterio se conservan unas estructuras de origen muy antiguo, posiblemente romano, y que de este lugar proceden pequeños fragmentos marmóreos decorados, de aquella época, reutilizados más adelante.

Las primeras noticias históricas las encontramos en el año 878, en un precepto del rey Luis II el Tartamudo, donde el lugar es citado como celda monástica dependiente de Sant Esteve de Banyoles. En esta época Sant Pere formaba parte de un conjunto de cuatro celdas (con las de Sant Joan Ses Closes, Sant Cebrià de Penida y Sant Fruitós de lo Vall de Santa Creu), objeto de disputa entre Banyoles y San Polycarp de Rasès, en el Languedoc. En esta época debían existir construcciones muy simples, de las que se han encontrado algunos vestigios. El último prior de este centro fue Tasi, que encontramos citado en el 944 con este título. En aquel momento Santa María de Roses era dependiente de éste.

El 947 obtuvo la independencia y su primer abad fue Hildesind (947-991), hijo de Tasi. Comenzaba entonces la vida de un gran monasterio, se levantó la iglesia, que fue consagrada en 1022 y parcialmente modificada posteriormente, es la que todavía vemos.

A partir del 1100, y durante todo el siglo XII se llevaron a cabo obras de reforma de las dependencias, quizás motivadas por los efectos destructivos de las disputas entre las casas de Peralada y Empúries, que afectaron al monasterio. Es entonces que se levantó la galilea, una nueva portada, y más adelante la tercera, la del Mestre de Cabestany, que hay que situar entre el 1160 y 1163. Esta obra se destruyó con el abandono del monasterio y ahora se conservan algunos fragmentos, el más importante el del Museu Marès de Barcelona, con la Aparición de Cristo a los apóstoles, y un bello capitel en el Museo de Peralada. También se hizo el nuevo claustro.

Tuvo una gran vitalidad hasta el fin del siglo XIV, pero luego entró en franca decadencia, con la relajación de la vida comunitaria, falta de donaciones a favor del monasterio... a lo que hay que añadir los efectos de la peste negra (1345), que se llevó a veinticuatro monjes. El miedo a la piratería hizo que el lugar se fortificara.

A partir del 1447 el centro fue dirigido por abades comendatarios, lo que agravó su decadencia. En 1654 el lugar se abandonó durante seis años debido a la guerra, hecho que marca el inicio del expolio de sus bienes. Los efectos de los enfrentamientos bélicos con los franceses llevaron a sucesivos saqueos. La Biblia de Rodes, ahora en la Biblioteca Nacional de Francia, fue expoliada en 1693.

En el siglo dieciocho se llega a un estado de decadencia total. En 1726 es nuevamente saqueado y en 1798 la comunidad se traslada a Vila-sacra y de ahí a Figueres (1809).

La portada principal, antiguamente decorada en mármol por el Maestro de Cabestany, comunica con una galilea. Esta galilea se construyó con posterioridad a la obra de la iglesia. La fachada primitiva era al aire libre y tenía una portada, parece que decorada, y tres ventanas, una para cada nave.

También se levantó entonces el primer claustro, descubierto recientemente, bajo uno de posterior. Era de planta cuadrangular y se basaba en una construcción sólida con grandes arcos y bóvedas de cañón. De ahí se podía acceder a las diversas dependencias que desaparecieron con la construcción del claustro nuevo.

Las obras siguieron con la construcción del segundo claustro, que se ha restaurado, aunque los capiteles se encuentran dispersos en lugares muy diversos. Hay que mencionar también el campanario, posiblemente levantado entre los siglos XI y XII. Hace pareja con una torre de defensa, o torre del homenaje también antigua, del siglo X, con modificaciones posteriores.

El conjunto monumental del monasterio, aunque ha sufrido todo tipo de expoliaciones y que se encuentra en ruina, todavía hace fuerte impresión gracias a las restauraciones ya la belleza singular de su iglesia.