Rhode fue colonizada, a principios del s. IV a.C, por los griegos que provenían de Massalia (Marsella), con el objetivo de establecerse comercialmente y obtener los recursos del territorio. Tras las guerras, con la llegada de una época más próspera, los griegos ocuparon el antiguo asentamiento griego, trabajaron la industria de la cerámica, y se dedicaron a la ganadería, la producción agrícola y la salazón de pescado.

Según nos transmiten las evidencias históricas, esta colonia llegó a tener una gran importancia mercantil. Prueba de ello es la acuñación de monedas que aquí se llevaba a cabo. Estas monedas llevaban por una cara una rosa, y por la inversa la cabeza de la ninfa Arethusa con la leyenda "rodeton".

El repentino cese de la acuñación y del trabajo en los talleres de cerámica son evidencia de un abandono del barrio helenístico.

Los griegos llevaron a la zona diversas tecnologías, como tejer cestas, hacer sogas y construir molinos de piedra para moler cereales. También llevaron su religión y sus costumbres, así como la moneda.

En el año 216 a. C. llegaron por mar cerca de setenta barcos con 1800 caballos y 36.000 infantes. Iban bajo el mando de Cneo Cornelio Escipión Calvo. Desembarcaron en la zona en son de paz, ya que reconocieron las leyes, los derechos y las libertades de los indígenas.

Pero con el tiempo dejaron de estar en paz. Cuando en el año 195 a. C. desembarcaron en el Ampurdán 25 galeras al mando de Marco Porcio Catón (Catón el Viejo) para derrotar a los cartagineses, los nativos de la zona se unieron a las fuerzas enemigas en la llamada batalla de Rhode. La plaza cayó en julio después de tres meses de asedio. Catón saqueó la ciudad y luego combatió contra cartagineses e indígenas, quienes perdieron ante el ejército romano, compuesto aparentemente por 17.500 combatientes que causaron, según nos transmite la historia, unas 40.000 bajas enemigas.

Después de esta guerra vino una época de prosperidad en la ciudad de Rosas. El comercio floreció considerablemente convirtiéndose en una de las cinco poblaciones mayores del distrito ampurdanés.

Al comienzo de la Edad Media, tras la caída del Imperio en el s.VII, Rosas cayó en manos de los visigodos, fueron ellos quienes fundaron un castro o ciudadela sobre uno de los picos de la montaña de Puig Rom. Tras ellos pasaron árabes y francos, estos últimos acabaron estableciéndose en el condado de Empúries hasta mediados del s.XIX, hasta el momento en que fue abolido el régimen señorial.

El núcleo de la población fue fortificado en 1402 para defenderse de los piratas que llegaban por mar y de las invasiones terrestres de los franceses, y no fue hasta el año 1552 cuando el Emperador Carlos V ordenó la creación de un sistema defensivo general de todo el golfo que pasó por la construcción de la Ciutadella de Roses, el Castillo de la Trinidad y las torres preparadas para la artillería de Norfeu, l’Escala y Montgó.

La decadencia de Roses comenzó en el siglo XV con una devastadora epidemia de peste, le siguió la Guerra de los Segadores y la posterior ocupación francesa (1640-1659), en aquel momento la población se trasladó fuera de las murallas mientras las fuerzas militares defendieron el recinto de la Ciutadella hasta la invasión napoleónica en 1808.

El recinto permaneció abandonado entre los s. XIX y la primera mitad del XX, motivo que le llevó a ser objeto de numerosos saqueos. Fue en el año 1949 cuando el estado español lo declaró protegido y se iniciaron diversos estudios arqueológicos que llevaron a descubrir los diferentes yacimientos griegos, romanos y de la época medieval.

En 1961 la Ciutadella de Roses fue declarado Monumento Histórico Artístico Nacional.