La historia de este faro está íntimamente ligada con el de Villaricos, del que ha sido sucesor. Suprimido aquél y decidida la población de Garrucha como nuevo emplazamiento, primeramente se hizo una instalación provisional que se montó en el castillo de Jesús Nazareno, encendida en 1880.

Emplazado a 29 m del castillo, el nuevo faro, proyectado en 1879, se encendió por primera vez en 1881 con el mismo aparato, linterna, característica y alcance que tenía el reemplazado. Estaba dotado de una lámpara de parafina de una mecha, utilizando después el petróleo.

A partir de 1919 se inicia un proceso de modernización y cambio de característica que quedaría en grupos de 4 ocultaciones cada 13". Se montó una linterna cilíndrica de montantes helicoidales con torreón de fundición revestido interiormente de caoba y un juego de pantallas giratorias. También se electrificó, estrenándose la reforma en 1925.

En 1974, se puso un basamento fijo al que se acopló un equipo eléctrico con reserva de gas, sustituyéndose la óptica por un tambor dióptrico de horizonte.

El 17 de enero de 1966 será una fecha sonada para la provincia de Almería por el accidente de dos aviones norteamericanos, de los muchos que sobrevolaban esta zona. Ese día, chocaban en pleno vuelo un bombardero B52 cargado de bombas nucleares y el avión nodriza que le abastecía, cayendo los restos de los dos aparatos y sus tripulantes sobre toda la costa de Vera y Pulpí. Sobre Palomares cayeron las cuatro bombas nucleares que transportaba el B-52. Después del accidente, la zona donde habían caído los proyectiles se llenó de militares norteamericanos que se llevaron las bombas y todo lo que había alrededor de las que cayeron en tierra, pero no fueron capaces de encontrar la que cayó en el mar.

El farero veía a los aviones que repostaban casi en la vertical del faro, muy a menudo. El día del accidente, el viento de poniente se llevó los aviones algo más al norte. Él y su mujer vieron pasar los aparatos norteamericanos y se metieron en la vivienda del faro. Al momento escucharon unos ruidos bastante fuertes y volvieron a salir. Lo que vieron fue un amasijo de hierros ardiendo que caía del cielo y varios paracaídas. Uno de los paracaídas, que transporta una bomba, estuvo casi parado en el aire por efecto de una corriente térmica, después el viento se lo llevó mar adentro y lo dejó caer en el agua. Rita, la mujer de farero, quería ir a ver qué pasaba en la zona donde habían caído los aviones, pero él sabía que esos aviones transportaban bombas nucleares y que no era prudente acercarse. Eso les libró de contaminarse, como le pasó a mucha gente en los primeros momentos.

El 10 de marzo, en el vecino Palomares, aparecía el ministro Manuel Fraga con todo su sequito para darse un baño en el mar, que de momento seguía conteniendo la bomba en su seno, intentando quitarle importancia a la desgracia nuclear. Los periódicos se llenaron de fotografías de Fraga con un enorme bañador saludando a la cámara desde el agua, acompañado del embajador norteamericano. Casi un mes después tuvo que ser un pescador, desde entonces conocido como “Paco el de la bomba”, quien lograra localizar el peligroso regalo que los norteamericanos habían dejado en estas playas.