Consta de dos edificios de mampostería rectangulares e independientes, y de una torre de 19 m de altura de planta hexagonal. El faro se encuentra a 42 m sobre el nivel del mar, y tiene una apariencia luminosa de grupos de 3 y 1 destellos cada 20 segundos. Su luz se puede ver desde 16 millas náuticas.

Construido en poco más de un año gracias a las presiones del gobierno francés a raíz del naufragio del vapor Général Chanzy en 1910, el faro de punta Nati se inauguró en 1913. Posteriormente se construyó el

faro de Favàritx, que completaba, junto con el faro de Cavalleria, la iluminación de la costa norte de Menorca. El faro de punta Nati empezó empleando lámparas de incandescencia por vapor de petróleo, y en 1921 se instaló un sistema de iluminación con gas acetileno no automatizado.

En la costa norte de la Ciutadella de Menorca, ciudad situada en la zona oeste de la isla, se producían naufragios y accidentes debido a las corrientes marinas y a la influencia de los fuertes vientos de la zona de tramontana. El impulso decisivo para la construcción del faro fue el naufragio del barco de vapor francés Général Chanzy en febrero de 1910 del cual sólo hubo un superviviente y 156 personas muertas. La mañana del 11 de febrero Don José Coll, el farero vio un hombre, extremadamente agotado, de buena estatura y pelo rubio que se acercaba a la casa cojeando, con mal aspecto y lleno de heridas. No se entendían porque no hablaban el mismo idioma, pero el visitante tomo un trozo de carbón del fuego y en la pared dibujo un barco que se hundía, en la parte superior escribió un nombre; Général Chanzy y en el inferior «100 hommes morts». El farero le dio de comer y ropa seca, después inmediatamente se trasladaron a Ciudadela para dar parte a las autoridades de lo ocurrido.

El herido, Marcel Baudez, de nacionalidad francesa, tenía 23 años y su ocupación era la de Vista de Aduanas en Argel. La explicación que da sobre lo ocurrido sitúa los hechos alrededor de las cinco de la madrugada, encontrándose en el interior de la cámara del vapor, oyó un tremendo fragor. El casco del navío se había partido en dos mitades.

El ingeniero Mauro Serret se encargó de diseñar el edificio. Las obras empezaron el 5 de julio de 1912 y se inauguró el 1 de septiembre del año posterior. La instalación luminosa presentaba una apariencia de grupos de 1 y 3 parpadeos blancos que se veían a una distancia de 26 millas. El edificio está formado por dos cuerpos rectangulares independientes de una sola planta, construidos con sillares con cara de piedra vista. La torre se eleva del suelo a una altura de 11,5 metros.

En las cercanías del faro existe un bufador que con temporales de componente Norte, emite unas columnas de agua que han constituido a lo largo de los años un serio problema para el mantenimiento del faro.