El recinto medieval de Setúbal se circunscribía a la zona central, nuclear, de la población actual. Serán los límites resguardados por murallas mandadas levantar por D. Afonso IV y terminadas bajo su sucesor, D. Pedro I, en el siglo XIV, para defenderse de los corsarios y piratas norteafricanos.

En 1582, el rey Felipe II de España (ya rey de Portugal con el nombre de Filipe I), ordenó la construcción de la fortaleza de São Filipe, tras vencer al Prior de Crato, D. António, por el que había tomado partido Setúbal a raíz de la crisis dinástica. Se trataba de una enorme fortaleza artillera, abaluartada, defensiva de la cuenca del Sado, con una situación geoestratégica privilegiada en un morro al noroeste de la población, completamente bajo su control.

Pero el 1 de diciembre de 1640 es aclamado rey de Portugal D. João IV, que se hace con el control de la población y proyecta nuevas murallas, de tipo abaluartado. El ingeniero militar francés Nicolau de Langres, diseñará las trazas del recinto fortificado abaluartado en los primeros años de la Guerra de Restauração.

Hasta 1696 se desarrollará un plan constructivo, financiado por los negociantes de la sal y por la población de Setúbal a través de nuevos impuestos. Así, se completa un cinturón de murallas, con el refuerzo de los Fortes Velho y da Estrela al norte, y perfeccionamiento general de los baluartes, fosos y obras coronas al este y oeste, proyectándose hornabeques al norte y este, que hacían de la fortificación una maquinaria defensiva de enorme relevancia, con once baluartes y dos medios baluartes.

Resguardando la entrada al estuario del Sado por el oeste, frente a la lengua de arena que forma la península de Troia, se encuentra la magnífica Fortaleza de Santiago do Outão, garantizando la tranquilidad de Setúbal.

Ya en 1390 se construyó en el lugar una torre de vigilancia por orden de D. João I, que se mejora en el reinado de D. Manuel, al comenzar el siglo XV. Pero será a finales del XVI y mediados del XVII cuando adquiera el porte impresionante que en la actualidad conserva.

A partir de 1572, se inicia la construcción de una cerca abaluartada, siguiendo el modelo italiano de defensa frente a los ataques de la artillería pirobalística de la época: tendría su “bautismo de fuego” defendiendo la independencia frente al Duque de Alba, en 1580, cuando se realiza la Unión Peninsular. Después, entre 1643 y 1657 -en la primera parte de la Guerra de Restauração- se ampliará, reconformándose al modelo que hemos heredado.

La fortaleza sería residencia veraniega de D. Carlos y Dña. Amelia en la última década del siglo XIX, e iniciado el XX pasó a adaptarse como sanatorio de tuberculosos, con lo que se levantan edificios apropiados para los enfermos y se remodela el interior. Otra década más tarde, será convertido en lo que hoy día sigue siendo: Hospital Ortopédico, dadas las buenas condiciones del lugar para dolencias óseas, por la influencia marítima y de la barrera inmediata de la Serra da Arrábida.

Pasear hoy día por sus dos baluartes laterales (al este y al oeste), contemplando el mar, entrar en sus garitas cilíndricas, recorrer el borde siguiendo la línea de los parapetos, en tanto oímos el azote del mar y vemos la lengua estrecha, larga y dorada de la península de Troia, el caserío de Setúbal y las playas recortadas del noroeste, es una experiencia grata, relajante, balsámica.

Ya el 4 de agosto de 1644, el soberano advirtió a Manuel da Silva Mascarenhas que completara las obras lo antes posible. Los propietarios de los marines de sal y la gente de mar de la Casa do Corpo Santo contribuyeron a las obras de defensa de la costa de Setúbal, y las obras de este fuerte se completaron en 1657.

En el siglo XVIII, nuevas obras ampliaron las instalaciones y remodelaron la pequeña capilla de la fortificación, como lo demuestran los azulejos de las naves, atribuidos a las Grandes Escuelas de Lisboa en la primera mitad del siglo y el trabajo tallado del retablo mayor.